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Full time

Portuguese

Hard Skills

Command Prompt Metadata Standards Clinical Data Management Scripting Extensible Markup Language (XML) Config Files Shell Commands Metadata Standards Data Modeling Relational Databases +4 more

Other Skills

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Communication
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Teamwork
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Detail Oriented
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Problem Solving

Roles & Responsibilities

Senior-level experience in curation, governance, and processing of omics-related scientific metadata
Proficiency with Linux-based environments, databases, and automated data pipelines
Strong knowledge of metadata dictionaries, controlled vocabularies, data validation rules, and naming conventions
Experience developing SQL queries, shell scripting, and Python for automation; ability to map external data formats to internal metadata standards

Requirements:

Curate and validate omics study metadata, ensuring adherence to metadata dictionaries, controlled vocabularies, naming conventions, and validation rules
Process metadata change requests, perform cross-walking, add new fields, update vocabularies, and audit metadata for consistency and standards compliance; maintain runbooks and YAML configurations
Support pipelines and data processing tasks, including executing CLI-based upload workflows, developing SQL queries, and writing Shell/Python scripts for automation; troubleshoot pipeline issues
Acquire, integrate, and map external/public datasets (e.g., NCBI GEO/SRA) and consolidate metadata from internal systems; act as liaison to scientists/bioinformaticians to translate requirements into metadata structures

Job description

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Estamos em busca de um profissional para atuar na curadoria, governança e processamento de metadados científicos relacionados a estudos ômicos (omics), garantindo qualidade, padronização, rastreabilidade e integração dos dados utilizados em ecossistemas científicos e pipelines bioinformáticos.

O profissional será responsável por apoiar cientistas, bioinformatas e engenheiros de dados na organização, validação e disponibilização de metadados para estudos internos e datasets públicos, atuando diretamente em ambientes Linux, bancos de dados e workflows automatizados.

Qual será a sua missão:

Realizar curadoria de workbooks de metadados para estudos ômicos;
Preencher e validar informações relacionadas a: estudos, amostras, comparações experimentais e grupos de tratamento;
Garantir aderência ao dicionário de metadados e checklists estabelecidos;
Aplicar: convenções de nomenclatura, vocabulários controlados e regras de validação de campos;
Processar solicitações de alteração de metadados: inclusão de novos campos, adição de vocabulários
depreciação de termos, mapeamentos cruzados;
Auditar metadados existentes quanto a: consistência completude, conformidade com padrões;
Manter documentação operacional e runbooks atualizados;
Processamento de Dados e Suporte a Pipelines;
Executar workflows de upload baseados em CLI para carga de metadados e dados processados;
Criar e manter arquivos de configuração YAML;
Desenvolver consultas SQL para: validação, troubleshooting e auditoria de metadados;
Criar scripts Shell e Python para automação de tarefas repetitivas;
Atuar na identificação e resolução de falhas relacionadas a pipelines de metadados;
Trabalhar em ambientes Linux/HPC baseados em linha de comando;
Aquisição e Integração de Dados Externos;
Baixar e processar datasets públicos provenientes de: NCBI GEO, SRA;
Consolidar metadados oriundos de sistemas internos de gestão clínica;
Preparar workbooks de metadados para estudos publicados;
Mapear formatos de dados externos para padrões internos de metadados;
Atuar como ponto focal para demandas de metadados de cientistas e bioinformatas;
Traduzir requisitos científicos em estruturas de metadados;
Apoiar definições relacionadas a:tipos de ensaio, hierarquia de amostras, desenho de estudos;
Trabalhar em conjunto com equipes de bioinformática para alinhamento de: vocabulários compartilhados, requisitos de pipelines, padrões de dados;
Demais rotinas da área.